总磷总氮都是判断水质标准的重要指标，总氮是指水中有机氮、氨氮、亚硝酸盐氮、硝酸盐氮的总和。总氮量的增加，主要导致微生物和藻类等水生生物大量繁殖，造成水体富营养化。总磷是指水样经消解后将各种形态的磷均转变成正磷酸盐后测定的结果，以每升水样含磷毫克数计量。

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　　水质分析仪是基于钼蓝法，聚磷酸盐和含磷化合物在高温、高压的酸性条件下水解，生成正磷酸根，过硫酸钠进一步把其他稳定的含磷化合物氧化为正磷酸根。正磷酸根离子在含钼酸盐的强酸溶液中，生成的锑化合物被抗坏血酸还原为蓝色的磷钼酸盐。

　　在水质分析仪的使用过程常常会因为各种因素导致测量结果不尽人意，这些因素包括：

　　1、水中悬浮物过多的话，可用滤膜过滤后检测。

　　2、若样品中存在余氯，可加入适量的硫代硫酸钠溶液去除，用淀粉-碘化钾试纸检验余氯是否除尽。若水样浑浊或有颜色时，可用于蒸馏法或絮凝沉淀法处理，参照国家环境保护标准HJ535-2009。

　　3、COD的测定：氯离子是主要干扰成分，仪器配用试剂带有抗氯干扰能力，选用低量程测定COD，也可减小氯离子对测定结果的影响。

　　4、总磷的测定：水样中砷含量大于2mg/L有干扰，可用硫代硫酸钠除去。硫化物含量大于2mg/L有干扰，在酸性条件下通氮气可以除去。六价铬大于50mg/L有干扰，用亚硫酸钠除去。亚硝酸盐大于1mg/L有干扰，用氧化消解和氨磺酸均可以除去。铁浓度为20mg/L，使结果偏低5%；铜浓度达10mg/L不干扰；氟化物小于70mg/L不干扰。

　　5、氨氮的测定：水样中含有悬浮物、余氯、硫化物和有机物时会产生干扰，含有此类物质时要作适当处理，以消除对测定的干扰。

　　6、总氮的测定：氯离子浓度高于1．5g/L时有干扰．其它常见的阴、阳离子无干扰。氯离子可用硫酸汞消除干扰。